Miljösanktionsavgiften är en avgift som kan variera mellan 1 000 och 600 000 kronor beroende på verksamhet och förseelse. De lägre avgifterna tas ut vid mindre förseelser, medan den högsta avgiften kan komma på tal då till exempel en mycket miljöfarlig verksamhet inte söker och får tillstånd innan driften startar. Avgiften betalas till staten.
Utöver miljösanktionsavgiften tar miljöförvaltningen ut en timavgift på 980 kronor för handläggning av ärendet.